Les bactéries sont nos amies

Ces derniers temps une certaine bactérie, Escherichia coli, a causé quelques soucis aux journalistes qui ne savaient plus où donner de la tête. Bon, il y avait manifestement une souche pathogène pour l'homme mais bien souvent cette souche pathogène était nommée comme "Escherichia coli", l'espèce dans son ensemble. Or une souche n’est qu’une lignée particulière au sein d’une espèce. Cet amalgame favorisait alors l'idée selon laquelle les bactéries sont de méchants microbes pathogènes. Cette idée n'est pas véhiculée seulement par les médias mais aussi par la tendance actuelle à vivre dans un monde aseptisé (ben oui quoi, nous aussi les systématiciens on dénonce la société qu'elle est pas belle). Voici deux illustrations qui vont dans ce sens :

A gauche Javel la Croix vantant la capacité de son produit à tuer 100% des bactéries, à droite, une représentation d'une bactérie. (Source des images : La Croix, Bactérie)

Premièrement qu'est-ce qu'une bactérie ? Les bactéries sont des microbes diront certains. Bon, microbe c'est assez vague comme terme... En fait biologiquement les bactéries sont des êtres vivants comme nous (voir article précédent pour savoir ce qu'on considère être vivant). Elles ont de l'ADN et ont un grand nombre de points communs avec nous. Bien sûr elles ont aussi des différences. Il est courant aujourd'hui de considérer que le vivant est constitué de trois grands groupes : les bactéries, les archées et les eucaryotes. Il semble qu’archées et eucaryotes (nous entre autres) soient plus proches entre eux que des bactéries. Pourtant les archées ressemblent superficiellement beaucoup à des bactéries. Archées et bactéries sont appelées procaryotes. Mais pour les même raisons que les poissons, les procaryotes n'existent pas ce qui sera expliqué plus tard.

L'arbre du vivant tel qu'il est communément admis dans les grandes lignes aujourd'hui. Remarquez la plus grande proximité des archées avec les eucaryotes (entre autre nous). (Source de l'image ici : arbre de la vie)

Premièrement, les bactéries n'ont pas de noyau cellulaire (bon ça on le remarque simplement parce que nos cellules à nous qu'on se croit plus important ont un noyau...) et sont unicellulaires (selon la définition qu'on donne à "unicellulaire"... Les biologistes ont du mal avec les définitions claires). Un des caractères le plus remarquable des bactéries qui ne soit pas un caractère général du vivant présent sous une forme modifiée chez les archées et les eucaryotes semble être la présence d'une paroi cellulaire de "peptidoglycane" enveloppant la bactérie, elles sont ainsi bien au chaud dans une petite paroi cellulaire. Notons que les bactéries sont les championnes de la survie dans tous les milieux et les championnes de la chimie. On en trouve régulièrement là où on ne s'y attendait pas en compagnie souvent des archées (qui sont aussi balèzes dans ce domaine). Et pour survivre elles utilisent un grand répertoire de réactions chimiques (ou métaboliques) pour parer aux pires des situations. En fait c'est nous les eucaryotes qui sommes assez limités à ce niveau (mais en diversité de formes on pète la forme !). Les bactéries sont tellement partout qu'il est au final impossible d'imaginer la vie sans elles... Sans bactéries pas d'eucaryotes, sans eucaryotes ben... Pas d'eucaryotes.

Voici un schéma de l'organisation d'une bactérie. Le nucléoide et les plasmides correspondent à l'ADN de la bactérie. Evidement il existe des bactéries avec des formes différentes et certains de ces caractères manquants ou sous une autre forme. (Source de l'image ici : schéma d'une bactérie)

Et c'est là que je voulais en venir, les bactéries sont des êtres vivants essentiels pour nous ! Et pour un exemple qui nous parle un peu je vais évoquer le lien qu'il existe entre nous et les bactéries. Il se trouve que nous sommes un véritable écosystème microbien, abritant des groupes de bactéries différentes en permanence. Chaque personne a sa propre combinaison de bactéries, chaque groupe humain aussi. Dès les premières semaines un nouveau né va être "infesté" par des bactéries qui ne le quitteront plus jamais. En fait les bactéries nous aident pour plusieurs tâches. Et les publicitaires qui lors du spot précédent vous promettaient de tuer la totalité des bactéries, dans celui d'après vous en vendent (sans le dire). Vous devez pourtant bien connaitre le Bifidus actif ou Bifidobacterium (ha ben oui, dit comme ça...) ou le L. casei ou Lactobacillus casei...

A gauche Activia enrichi en Bifidobacterium, à droite Actimel enrichi en Lactobacillus casei. (Source des images : Activia, Actimel)

Ces bactéries font partie de la "flore intestinale", indispensable à notre bonne digestion (dont Escherichia coli aussi fait partie !) mais aident aussi à prévenir l'infection par des bactéries qui elles seraient pathogènes. Mais il n'y a pas que la flore intestinale, il y en a aussi une très diversifiée sur la peau et dans la bouche. Et dans ces cas les compositions en groupes de bactéries sont très différentes. Ce qui semble montrer que chaque partie de notre corps est un écosystème propice à certains types de bactéries. Et finalement on s'en accommode très bien.

Schéma illustrant la répartition en proportion de grands groupes bactériens (ou phylum) sur et dans le corps humain.  En haut de chaque diagramme, c'est le nombre moyen d'espèces de bactéries par zone du corps. (Source de l'image : Dethlefsen L., McFall-Ngai M. et Relman D. A. 2007. An ecological and evolutionary perspective on human-microbe mutualism and disease. Nature, 449: 811-818.)

Au final, les bactéries sont des organismes qui nous sont indispensables mais aussi parfois dangereux. Ces complexes complexes de bactéries vivant en nous et sur nous sont justement dynamiques et très sensibles à une variation. Si l’ensemble ne va pas bien ou si une bactérie un peu trop fougueuse arrive, ce sera la panique chez les autres gentillounettes bactérounettes et c'est la maladie assurée. Tout ça c'est le cas chez l'homme mais sachez que les bactéries sont aussi de grandes productrices d'oxygène dans les océans, elles fixent aussi l'azote de l'air chez certaines plantes, phase d'une importance capitale dans le cycle de l'azote, élément vital aux êtres vivants. Il se trouve même que ce sont elles qui au fin fond de nos cellules travaillent dans l'ombre à nous faire respirer... Mais c'est une autre histoire... Alors, il faut évacuer l'idée qu'elles sont à éliminer, quand bien même en tapant microbe sur Google, après quelques résultats de recherche qui ne semblent pas trop bacteriophobes (la bactériophobie c'est mal, vous l'aurez compris !), je tombe sur ça en sixième résultat sur mediadico : "Organisme microscopique unicellulaire facteur de maladies infectieuses".  Finalement je préfère voir les bactéries comme ça :

*_* (source de l'image : giant microbe)

Pour aller un peu plus loin :
- Un article traitant de la relation entre bactéries et humains (en anglais) :  Dethlefsen L., McFall-Ngai M. et Relman D. A. 2007. An ecological and evolutionary perspective on human-microbe mutualism and disease. Nature, 449: 811-818.
- Pour la classification et les caractères entre et au sein des bactéries, archées et eucaryotes, l'incontournable : Classification phylogénétique du vivant de Guillaume Lecointre et Hervé le Guyader, éditions Belin.
- Un article de blog (en anglais) : Scientits Discovers That Antimicrobial Wipes and Soaps May Be Making You (and Society) Sick.

Nicobola